Le roi, monté sur un superbe genet d'Espagne blanc, marchait au milieu des troupes avec sa compagnie de gendarmes, et l'on s'avançait en bon ordre vers le bourg de Riez, lorsque le maréchal de Vitry apprit que ce bourg était évacué, et que Soubise
s'était sauvé à la nage, suivi de cent-cinquante cavaliers, abandonnant le gros de son armée à l'ennemi. Ses soldats d'infanterie, qui remplissaient les maisons et les bateaux de Saint-Gilles, de Croix-de-Vie et de Riez, faisaient des efforts désespérés pour gagner le large. Condé tomba sur eux comme sur une proie facile, et ils allaient être impitoyablement massacrés, si le roi ne leur avait accordé la vie, à la condition de servir sur ses galères.
Un certain nombre de barques s'étant cependant éloignées de la terre se mirent à tirer sur les troupes royales. On leur répondit par une décharge meurtrière qui leur tua beaucoup de monde. D'autres rebelles, qui essayaient de se sauver à travers les marais, furent assommés par les paysans. La cavalerie ne fut pas plus heureuse, malgré l'énergie de son brave commandant. qui seul au milieu de cette panique universelle ne perdit pas la tête. Il fut fait prisonnier par Baïes, lieutenant de La Rochefoucauld, qui s'était mis à sa poursuite.
Presque tous les chefs de l'armée calviniste tombèrent au pouvoir du roi, notamment : le comte de Marennes, principal lieutenant de Soubise, Louis Regnier de la Planche, fils du célèbre auteur de l'Estat de la France, de la Religion et de la République pendant le règne de François II ; La Morinière, Gabriel de Machecoul, et le sieur de la Rollandière, d'Aizenay, dont la femme, Renée de Rivaudeau, était la nièce du poète poitevin de ce nom.
Le butin fut considérable : les sept canons que possédait l'armée calviniste restèrent au pouvoir du roi. Les drapeaux blancs et bleus, qui n'avaient pas été détruits, furent pris. Le roi les envoya à sa mère et donna les navires au comte de La Rochefoucauld. Le reste du butin fut en partie abandonné aux soldats, à l'exception des ornements d'église, qui furent autant que possible restitués. Plusieurs chariots étaient chargés de cloches enlevées dans les églises.
L'île et les environs de Riez, que le roi visita avec Châtellier-Barlot, présentaient un spectacle horrible après la bataille. Deux-mille-cinq-cents corps inanimés étaient étendus çà et là sur la terre humide du marais, ou noyés dans les canaux et les rivières, tandis que la mer, pour ajouter à l'horreur de cette scène, rejetait cent-vingt cadavres sur le rivage. Le roi n'avait perdu que vingt hommes, et avait arraché sept-cents protestants à la rage de ses troupes. Il envoya les soldats à Nantes et les distribua ensuite sur ses galères. Les gentilshommes, au nombre de neuf-cents, allèrent expier leur faute dans les prisons de Saintes, de Fontenay et de Poitiers.